グーグルアップデートで、サイト上部に広告が多く載っているサイトは、アルゴリズム変動の影響を受けやすいとアナウンスされております。

しかし、PCサイトとスマホサイトに分かれて、
一方は広告なし、一方は広告が多い場合はどうなるのでしょうか？

この場合は、PCサイトでの評価になると思います。

ただ、サイト上部に広告が多いということだけで、順位が低下することは希です。

サイト内のコンテンツがしっかりとしていれば、
サイト丈夫に広告が多くても、上位表示をキープすることができます。

上位表示のアルゴリズムは、200以上の要素の組み合わせで決まっていますので、
ある特定の対策のみにとらわれず、総合的な対策を実施する必要があります。